チーム構成は「マーベル アルティメット アライアンスTM」の最も大きなかなめだ。チーム構成によっては、スペシャル・ボーナスをゲットできる特典がある。
コミックで実際に組まれたことのあるチームや、属性が似たキャラ同士のチームなど、数多くの組み合わせが存在する。お気に入りのチームを見つけよう！
| アベンジャーズ |
ボーナス：与えるダメージを5％アップ |
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| キャプテン・アメリカアイアンマンMs.マーベル*スパイダーウーマンソー |
マーベル最強のスーパーヒーローチーム。
※装備が*ウォーバードである必要があります |
| ニューアベンジャーズ |
ボーナス：全ての抵抗力に+５ |
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| キャプテン・アメリカアイアンマンルーク・ケイジスパイダーマンスパイダーウーマンウルヴァリン |
| アベンジャーズがある事件で壊滅した後に結成された新生アベンジャーズ。 |
| クラシックアベンジャーズ |
ボーナス：マックス・エネルギーが15％アップ |
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| ブラックパンサーキャプテン・アメリカアイアンマンソー |
| 過去のアベンジャーズの顔ぶれ。 |
| エージェント・オブ・シールド |
ボーナス：全ての抵抗力に＋5 |
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| キャプテン・アメリカニック・フューリースパイダーウーマンウルヴァリン |
| 国際諜報機関シールドに属していた経歴のあるメンバー。 |
| X-MEN |
ボーナス：マックス・エネルギーを15％アップ |
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| コロッサスアイスマンストームウルヴァリン |
| 一番の人気を誇るミュータント・チーム。 |
| ファンタスティック・フォー |
ボーナス：ノックアウトごとにヘルスを20得る |
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| ヒューマントーチインビジブル・ウーマンMr.ファンタスティックシング |
| 宇宙放射線を浴びて生まれたファミリー・チーム。 |
| ニュー・ファンタスティック・フォー |
ボーナス：マックス・エネルギーを15％アップ |
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| ゴーストライダールーク・ケイジスパイダーマンウルヴァリン |
| 誘拐されたファンタスティク・フォーを助けるため一時的に結成されたチーム。 |
| ディフェンダーズ |
ボーナス：ダメージの５％がヘルスに還元 |
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| Dr.ストレンジアイスマンルーク・ケイジシルバーサーファー |
| 普段は別々に活動するヒーローたちが、事件が起こると集うフリーランス・チーム。 |
| マーベルナイツ |
ボーナス：すべてのスタッツに＋５ |
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| ブラックパンサーデアデビルDr.ストレンジルーク・ケイジムーンナイトスパイダーマン |
| 「マーベルナイツ」シリーズで連載されていたキャラクターたち。 |
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